几天之后，贾兰坡又从别处得到消息，“北京人”确实失踪了。并且，除了已经装好的两箱“北京人”化石，他亲自带领技工们装载的六十七箱动物化石、三十多箱书籍，以及清华大学地质系袁复礼教授随校南迁之前，存放于新生代研究室的十多箱爬行类化石和私人文稿，都遭到日本占领者的捣毁或付之一炬。贾兰坡清楚地记得，由周口店龙骨山发掘出土并运到新生代研究室的六十七箱动物化石包括：北京人遗址的肿骨鹿、斑鹿、犀牛及其他动物；第9地点和第13地点的鹿类、水牛、犀牛及介壳化石；第14地点的鱼化石；湖北宜昌独角兽头骨的左半部；北京人遗址的裴氏转角羚羊颈骨；第3地点的介壳；安阳绿龟；山东山旺古犀前后肢骨及植物化石；山顶洞赤鹿角；山西武乡的中国肯氏兽；以及山顶洞的熊、虎、猩、兔、狼、狐等化石。这些化石都是贾兰坡和其他科学工作者多年汗水的结晶，想不到竟落入日本人之手并遭到劫难。
贾兰坡还得知，日军占领协和医学院后不久，长谷部言人、高井冬二以及日本宪兵队，到处寻找“北京人”化石标本，致使很多人都受到了牵连和拷问。除了院长胡顿、总务长博文、秘书息式白和裴文中等人外，协和医学院解剖科的马文昭教授也被抓进了日本宪兵队。到了最后，连用小车帮博文运送“北京人”化石到F楼4号保险库的工人常文学也被抓，并在日军宪兵队被打得皮开肉绽、死去活来。至于亲自参与了“北京人”化石装箱的胡承志，当然是日本人追查的重点对象，只是当日本人要抓他的时候，深知利害关系的胡氏已鞋底抹油，偷偷离开北平，躲到南京去了。兵荒马乱中，日本人一时找不到他，胡承志算是躲过了一劫。