这种论调简直和清儒尊重汉唐注疏、经学即理学之说如出一口，最可表现时代精神。更可玩味的是他也不满意李卓吾，如云：
卓吾超逸之才，豪雄之气，吾重之。然可重在此，可惜亦在此。夫人具如是才气，而不以圣言为量，常道为凭，镇之以厚德，持之以小心，则必好为骛也矫俗之论以自愉快。……乃至以秦始皇之暴虐为第一君，以冯道之失节为大豪杰，以荆轲、聂政之杀身为最得死所，而古称贤人君子者，往往反摘其瑕类。甚而排场戏剧之说，亦复以《琵琶》《荆钗》守义持节为勉强，而《西厢》《拜月》为顺天性之常。噫。《大学》言，好人所恶，恶人所好，灾必逮夫身。卓吾之谓也。惜哉。（《竹窗三笔·李卓吾》）
卓吾负子路之勇，又不持斋素而事宰杀，不处山林而游朝市，不潜心内典而著述外书，即正首丘，吾必以为倖而免也。（同上）
由此可知云栖态度之严正。在《遗稿》卷三中还有一篇《答周海门少参》，反覆辩驳海门“无善无恶”之说，而断然主张“止恶行善”，其结尾道：
近世挥尘谈禅者，率多其人，实证实悟者希得一二。……实则古人垂一则语，彻上彻下。只如“诸恶不作，众善奉行”，浅言之，则仅仅避恶名行善，三家村里守分良民亦如是；极言之，则纤恶净尽，万善周圆，天中天，圣中圣，如来世尊亦如是。若空执止恶行善为示钝根，拈吹布毛为示利根，则误矣。