李鸿章署理两江总督，主要任务就是为老师曾国藩筹饷。湘淮大军粮饷以及制造采办军火，再加甘肃等省协饷以及京饷，每月开销需要四五十万两，而上海关税加厘捐，四处罗掘，每月只能凑起三十余万两，何况裁撤的湘军还欠饷四百余万两。结果先是湘军悍将鲍超的霆军索饷闹哗变，影响所及，共二十余营哗变。等东挪西借，暂发三月饷银安抚下去，江苏籍御史又联名弹劾李鸿章横征暴敛，要求裁撤江苏厘卡。好在朝廷知道李鸿章的苦衷，下旨江苏厘局不可裁，御史结党腾谤，非光明正大。
弹劾的事情有惊无险，却是把李鸿章闹得焦头烂额。等这一切办出点头绪，已经到了七月底。此时丁日昌已经拿出江南制造总局开办章程两三个月，不能再拖，必须立即上奏。
按照丁日昌制定的开办章程，制造局当前先以制造军火为主，将来可试造轮船及民用机器，所需经费每月包括房租、薪金及采购物料，大约一万两左右，虹口地方华洋杂处，房租又贵，必须尽快择地建新址。但这都需要钱，一年十几万两的经费，对捉襟见肘的两江而言是一笔不小的负担。尤其是李鸿章刚刚被人弹劾，再增这项开支，更是难上加难。